Después de haber vivido una gran etapa con Lobos BUAP en el Torneo Apertura 2017, Rafael Puente Jr. no pudo igualar lo hecho en el siguiente certamen y fue cesado en el Clausura 2018, sin embargo, los Gallos Blancos del Querétaro le abrieron las puertas y con un modesto plantel pudo meter al equipo a la Liguilla del Apertura 2018 siendo eliminado en Cuartos de Final, pero de manera inverosímil en el actual Clausura 2019 no pudo ganar ni un solo cotejo y terminó por ser despedido en la Fecha 7.
Rafa Puente fue a Argentina para seguir capacitándose como DT
