Desde el 2013 que Lisandro Magallán es jugador de Boca Juniors, donde ha jugado 112 partidos y ha conseguido 5 titulos: los torneos 2015, 2016/2017, 2017/2018 y las únicas dos Copa Argentina conseguidas por los Xeneizes (2012 y 2015).
El defensor no tuvo un gran comienzo con la camiseta azul y oro, pero con los años se fue afianzando y terminó siendo un jugador fijo en el 11 de Guillermo Barros Schelotto, abanderando la defensa junto a Carlos Izquierdoz. Más allá de la derrota frente a River Plate en la final de la Copa Libertadores, el desempeño del central fue excelente durante todo el torneo y evidentemente esto es algo que el Ajax de Amsterdam notó.